고교학점제에서 가장 큰 부담은 '무슨 과목을 어떻게 선택하느냐'다. 교육부는 진로·학업 설계 중앙지원단(약 700여 명)과 대입상담교사단(약 500여 명) 등 현직 교사 1,200여 명을 가동해, 함께학교 누리집에서 고1·2 학생의 과목 선택과 학습 설계를 무료로 상담한다. 학생·학부모는 진로 방향이 분명하지 않아도 상담을 신청해 계열별 과목 조합과 학습법 조언을 받을 수 있다.